医院信息系统的全面整合需要将整合范围拓展到数据、业务流程、服务渠道、外部服务等多个领域，使现有系统资源得到更充分利用，进一步优化医院内部及与合作机构间的业务流程，为业务连续性提供有力保证。要实现这一目标就要采用一定的集成方案，方案可以根据自己的需求和承受能力进行选择。
解决信息孤岛，实现系统集成，最有效的方法是在系统设计阶段定义全套业务接口，但这对于已有系统而言是不可行的。因此，必须选择既能够集成原有系统，又能够集成开发中的系统，同时还应该具有可扩展性，为以后的系统集成做准备。
在医院信息系统集成方法中，点对点的集成是一种最常见的集成方法。该方法简单易用，实现效率高，同时它可以在集成模型的任意层面上实现。但该方法要求医院使用的信息系统只能来自少数几个厂商。然而信息技术日新月异，一个医院的信息需求不断扩展，一旦来自不同厂商的信息系统达到一定数量，这种集成方法就明显出现了弱点。主要表现在：1. 当医院信息系统有甲、乙两个子系统间互有信息传递及处理的需求时，就不得不在两个子系统间再单独进行集成接口的设计，当功能子系统的数量增加时，这种需要单独进行的集成接口工作的工作量就会呈指数级上升。当医院有十几个子系统时，这种集成方式就会变成不可实施、不可维护、不可变动、不可升级的。为了避免这个问题，需要一个中介层来隔离应用之间的差异。2. 在被集成的子系统数量相对较少时，虽然这种方式可实施，但其集成的质量也是不被保证的。当一个信息被甲子系统发向乙子系统后，乙系统是否能正确地接收到这个信息。如果没有收到，或收到的信息有误时，没有一个机制来进行检验、纠正。3. 每个子系统都可能同时和多个其他子系统集成，因此这个子系统的任何变动或问题都有可能变成全局的。比如，检验科子系统的升级换代可能导致院内与之相集成的多个子系统都需要进行相应的调整，这些调整又会带来连锁的系统稳定性、可靠性、功能性等一系列未知的影响因素的变化。4. 根据需要集成的应用各自的消息格式、通信协议、数据模型，进行代码设计、编写接口，以便实现应用间的集成。该方式下每个待集成的应用系统通过适配器与一个被称为“消息中介”的消息代理直接相连。消息代理负责理解应用系统之间传输的消息格式并实现必要的转换。当某一系统发生改变时，只需改变消息代理中相应的部分，降低了系统的维护和升级的复杂度。但是当出现多个系统集成，而且消息格式不同时，使用该方案很难处理。（二）关键技术
点对点集成实现了应用系统之间，或应用系统和其他数据源之间的数据访问。主要用于那些对于集成要求不高且具有相同安全等级的应用系统间的集成，其主要特点是数据实时性好和效率高。由于点对点集成要求直接互访对方数据，所以要求被集成双方要么开放数据库，要么提供操作数据库的API（应用程序接口）。如果被集成方开放数据库，则通过ODBC、OLE DB或者ADO提供的API来实现对数据库数据访问，从而达到信息提取的目的。如果系统提供的是API，则通过利用这些API二次开发得到的接口达到信息提取的目的。
点对点架构是一个典型的网状结构，系统之间两两建立连接，这样N个系统就会有[N×（N-1）]/2个连接。这种架构技术简单，通常用FTP，TCP或者批量接口的技术规范API来实现集成。但存在以下缺点：1. 高耦合 架构中任意一个系统出了问题，会影响到与它相连接的所有系统。2. 易用性差 架构简单地实现系统两两连接，缺乏统一的监控和管理。3. 扩展性差 新系统必须与其他所有需要交互的系统进行点对点的开发，不易扩展。
目前，数据共享的集成方式是很多厂商和医院优先采用的，它属于数据层集成模型的应用。数据共享集成是以数据共享为基础，应用系统双方彼此通过直接或者间接的方式读写对方的数据。随着医疗卫生信息化不断深入推广，基于数据共享的集成框架应用组件成为医院信息系统的主要集成模式。数据共享集成方法的优点较易实现，对于少数几个应用的系统集成来说实现效率比较高，不需要编写太多的代码。但它的最大弊端是不能保证系统的安全，扩展性差。该方法比较适合基于主题数据库设计的HIS系统。所谓主题数据库设计就是指同一家医院基本上采用一家厂商开发的HIS系统，主要基于集中数据库的设计，数据高度共享，基本上不需要与其他厂商的HIS产品集成。当第二个厂商的应用系统需要加入时，采用数据共享的集成方法应该是比较容易实现的，因为只需要相互共享对方的数据库，简单的相互调用即可实现相互集成。数据集成模型的基本思想是对各种软件组件的数据直接进行存取，实现集成，这样用户在存取数据时可以绕过相应的应用软件，而直接获取该软件创建并存储的相应信息。数据集成模型跳过显示界面与业务逻辑模块，直接进入应用软件的数据结构或数据库来创建新的集成。数据共享集成发生在企业内的数据库和数据源级别，通过从一个数据源将数据移植到另一个数据源来完成数据共享集成。有很多不同的工具和数据访问技术可作为访问数据库信息并进行集成的工具。通过异构系统数据共享集成技术，可将不同子系统间的数据集成在一起，通过中间件技术等实现数据共享访问。例如：1. 批量文件传输 以特有的或预定的方式在系统与应用软件间传输批量文件给应用程序。2. 开放式数据库连接ODBC 标准的应用编程接口，专门用于辅助访问不同类型但相互关联的数据库。3. 数据库访问中间件 一种向分布式数据库提供连接的中间件，它不但可以在软件组件之间提供互联，还能实时管理软件组件之间的交互。数据访问中间件主要负责交换询问信息、处理信息，连接数据库、共享连接等与数据处理有关的任务。（三）从数据共享到系统互操作
由于医疗机构在推进信息化建设的同时，各部门已建设了自己的业务系统，采用的硬件、平台、数据库和应用各不相同，信息共享交换平台必须全面解决异构平台、异构数据库之间的信息交互问题，充分保护已有的投资和历史数据。通过医疗信息系统互操作实现数据共享，消除数据冗余，在不同系统间进行数据交换和传递，支持不同数据格式和通信协议。
所谓系统互操作是指在实现数据共享的集成业务中，为了实现较低代价的数据共享，在各系统中实现数据代理，在不影响系统业务功能和结构的基础上，以基于服务的方式来实现跨系统的数据访问，从而达到多系统共享数据的目标。目前，基于SOA架构和Web服务方式实现的医疗信息系统互操作数据共享平台也得到国内业界的重视和研究。
从点对点的集成到基于组件的集成，EAI在可扩展性和可用性上不断增强。但是它采用的技术方法特定于应用系统和软件厂商，而不是开放的标准，所以使用不同集成技术医院的集成系统之间不能互操作。因此，需要一个强大的中间集成平台，该平台能够处理各种不同消息和异构系统。中间件是一种独立的软件系统或服务程序，位于操作系统和应用层之间一个软件层。它向各种应用软件提供服务，使不同的应用进程能在异构平台之间通过网络互相通信，为应用程序提供连接和协同工作的功能。中间件技术在集成中越来越重要，也成为了医院信息系统集成中最常用方法之一。中间件集成方法可以用于解决多种类型的集成问题，如数据一致性集成、多步处理集成、即插即用集成。但与点对点的集成方式相类似，中间件平台需要凭借高度专用化资源方可发挥出其所具备的潜在效率。此外，其所创建的集成接口同样具有紧密相关性,它是将信息与内部工作机制绑定在一起，从而传递相互依赖性的封闭系统体系结构的另一种表现形式。可见，目前医院信息系统所遇到的集成问题不是使用一种中间件技术就可以解决的，需要综合考虑，采用多种集成方法相互结合的解决方案。通过在各加盟医院构建一个通用的中间件接口服务器，使得各加盟医院可以在不同医院原有的HIS和PACS系统的情况下实现信息的共享。整个信息共享平台由医疗信息共享中心（数据中心）和各加盟医院组成，它们之间通过信息共享平台专网实现连接。如要访问数据库中心，必须向设在各家医院的通用接口服务器登记，经认证通过，才能获取数据库中心的信息。从系统构成看，数据中心和通用中间件接口服务器是信息系统平台的核心所在。整个信息共享平台主要围绕数据中心建设来进行，即建立基于HL7和DICOM等国际通用的医疗信息标准的电子病历和医学影像两个数据中心。在信息共享中心，通过配置会诊中心服务器，设立会诊监控软件，可以为多家加盟医院实现远程医疗和会诊服务。基于HL7和DICOM标准的数据中心的建立，有以下几个好处：1. 统一存储和管理各家医院的医学影像数据，可以省去各家医院在存储和管理上的大量费用。数据存储中心可为各家医院的重要数据做异地备份。2. 有利于各家医院共享医学影像信息。为政府部门、保健机构建立群众的电子健康档案，减少病人检查次数，从而降低病人的医疗成本。3. 为医院的科研工作提供丰富的可供长期储存的医学影像数据。4. 作为远程医疗的一个枢纽平台，为远程会诊提供病人的数字化医学影像，加上HIS的集成功能，可实现真正意义上的远程诊断和远程医学教育。5. 有助于卫生管理部门对突发公共卫生事件的流行病调查和指挥，日常数据汇总和上报。
众所周知，医院信息系统的发展应该是可持续的。为了实现新系统与医院现有系统的无缝连接，就需要运用高效的信息集成技术搭建一个可扩展的集成平台。作为医院信息系统的集成平台，主要考虑其集成的可扩展性，即实现信息系统的无限扩充，这是医院信息系统发展的趋势。医院的信息系统集成最核心的内容是要构建信息化建设框架，建立数字化医院的整体模型。应从医院的工作流、物流、信息流、组织流及财务流进行全面规划，集成医院管理信息系统、检验信息系统、临床信息系统、放射及影像管理系统、健康体检管理系统、行政办公系统、财务管理及全成本核算系统、医保接口系统、客户关系管理系统等，建立全面的数据仓库。其主要目的是对业务流程进行优化，使集成后的业务流转更加高效。高效的医院信息系统采用通用业务集成平台技术，建立相应的数据中心，采用统一门户系统进行数据流转，集成所有的应用系统，使得各系统业务均与平台可以进行接口数据交换。不像传统的接口方式需要各业务系统之间进行接口，其简单高效，并且可以对业务行为进行监控。1. 可优化医疗机构业务流程，消除医疗机构内部屏障，帮助医疗机构进行业务及管理单元的调整。2. 实行业务系统及接口的封装服务，大大降低了医疗机构本身对技术及应用厂商的依赖性。3. 建立医疗机构的数据模型，为新的应用数据结构设计提供标准。4. 实现了医疗信息总线，消除了信息孤岛，消除了医疗信息各业务系统间点对点连接的弊端。信息集成平台是指系统中各子系统和用户的信息采用统一的标准、规范和编码，实现全系统信息共享，进而可实现相关用户软件间的交互和有序工作。标准化是信息集成的基础，主要包含通信协议标准化、产品数据标准化，以及调节网络标准化、电子文档标准化、交互图形标准化等。集成平台是信息集成的有力工具，这是面向对象的开放式集成技术，常采用工作流技术及J2EE框架平台实现。例如有X个需要交互的应用软件，只要把每个应用软件分别接到集成平台，就可在一组集成服务器的支持下实现X个应用软件的集成，因而集成的复杂性由多个降到1个。系统集成平台是软硬件的结合体，是各个应用系统进行交互的桥梁和中介。通过集成平台实现应用系统集成，集成平台与各个应用系统之间形成一种星形的拓扑结构，各系统之间的信息交换通过各自开发的适配器由集成平台统一控制管理。系统间的信息交互通过消息传递的方式实现。作为医院信息系统的集成平台，最需要考虑的就是集成的可扩展性，即实现信息系统的无限扩充，这是医院信息系统发展的趋势。所有应用对于自己都应该是独立的，所有新老系统将来都是独立的，所有模块都因统一集成平台而解放。基于统一的集成平台，任何模块都可以加入进来，它们之间只有标准的消息传递，通过消息触发事件，这样所有需要加入的模块、所有需要更新的模块都可以很成功地完成。若增加一个模块，只是在各应用内增加一些对应的消息事件，不需要修改应用程序，即可实现软件的即插即用。（1）采用可视化的流程定制和管理工具，易于医院业务流程的定义和重组。（2）当规则发生改变时，只需要在规则库中进行修改而不需要变动整个业务流程。（5）为应用程序的管理和监控提供了可靠保证。
