国外常用的医学类数据库
MIMIC-III/IV
MIT推出的重症监护病房(ICU)患者数据库,包含生命体征、实验室检查、用药记录等(需申请访问)。
官网:https://mimic.mit.edu/
eICU Collaborative Research Database
Philips与MIT合作的多中心ICU数据库,覆盖美国多家医院数据。
UK Biobank
英国50万人的健康数据,包括临床记录、基因组、影像等(需申请)。
官网:https://www.ukbiobank.ac.uk/
All of Us Research Program
美国NIH主导的百万级人群健康数据库,涵盖多样化人群。
官网:https://allofus.nih.gov/
NCBI GeneBank & dbGaP
美国国家生物技术信息中心(NCBI)的基因序列数据库和基因型-表型数据库(需申请)。
官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
TCGA (The Cancer Genome Atlas)
癌症基因组数据,涵盖33种癌症的分子特征和临床数据。
官网:https://www.cancer.gov/tcga
GTEx (Genotype-Tissue Expression)
正常人体组织的基因表达与调控数据。
官网:https://gtexportal.org/
ClinVar
疾病相关基因变异的临床解读数据库。
The Cancer Imaging Archive (TCIA)
癌症影像数据集(CT/MRI/PET等),与TCGA配套。
官网:https://www.cancerimagingarchive.net/
CheXpert
斯坦福大学的胸部X光数据集,用于肺炎等疾病检测。
OASIS
阿尔茨海默病研究的脑部MRI数据集。
官网:https://www.oasis-brains.org/
PubChem
化学化合物、药物活性及分子结构数据库。
官网:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
DrugBank
药物靶点、作用机制和药代动力学数据。
官网:https://go.drugbank.com/
ChEMBL
欧洲分子生物学实验室(EMBL)的药物活性数据。
WHO Global Health Observatory
世界卫生组织的全球疾病负担、疫苗接种等数据。
官网:https://www.who.int/data/gho
CDC WONDER
美国疾控中心的死亡、传染病、环境健康数据。
官网:https://wonder.cdc.gov/
Our World in Data
全球健康、疾病和疫苗接种的可视化数据。
SEER (Surveillance, Epidemiology, and End Results)
美国国家癌症研究所的癌症发病率和生存率统计。
FAIRsharing
生物医学数据库的标准化目录(可检索领域特定数据库)。
数据权限:部分数据库(如UK Biobank)需申请并通过伦理审查。
数据格式:注意数据类型(如DICOM、FASTQ、CSV)及配套元数据。
工具支持:许多数据库提供API或专用工具(如TCIA的NBIA工具)。
根据研究需求选择合适的数据库时,建议查阅相关论文或平台文档以确认数据的覆盖范围和访问流程。
国家健康医疗大数据中心(中国多个区域中心)
上海申康医联中心:覆盖上海市38家三甲医院临床数据。
北京大学健康医疗大数据国家研究院:提供多中心临床研究数据支持。
由国家卫健委主导,分布在 北京、上海、江苏、福建、山东 等地,整合了区域性医院的电子病历(EHR)、影像、检验等数据(需申请权限)。
示例:
中国医院质量监测系统(HQMS)
国家卫健委医院管理研究所主导,涵盖全国三级医院的病案首页数据(需申请)。
中国卒中中心联盟(CSCA)数据库
全国卒中患者的临床诊疗数据,用于脑血管病研究。
中国国家基因库(CNGB, 深圳)
全球领先的综合性基因数据库,存储中国人群基因组数据(需申请)。
官网:https://www.cngb.org/
中国人类遗传资源共享平台(GSA-Human)
由科技部支持,提供基因组、表观组等数据(需审批)。
官网:https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/
国家生物信息中心(CNCB)/ 国家基因组科学数据中心(NGDC)
整合多个子数据库(如GVM、GSA),涵盖微生物、癌症、新冠等数据。
官网:https://ngdc.cncb.ac.cn/
中医药大数据中心(国家中医药管理局)
整合中医诊疗方案、方剂、针灸等数据。
TCMID (Traditional Chinese Medicine Integrated Database)
中药成分、靶点及疾病关联数据库。
访问:http://www.megabionet.org/tcmid/
TCMSP (中医药系统药理学数据库)
中药活性成分、ADME参数及靶点预测工具。
官网:https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
中国疾病预防控制中心(CDC)公共卫生科学数据中心
传染病报告、慢性病监测、营养健康等数据(部分公开)。
官网:http://www.phsciencedata.cn/
中国癌症登记中心(NCCR)
发布《中国肿瘤登记年报》,提供地区性癌症发病率数据。
中国心血管病登记(China PEACE)
全国性心血管病诊疗和预后研究数据库。
中国医学影像AI数据库(如LUNA16)
肺部CT影像数据集,用于肺结节检测算法开发。
EyePACS (中国糖尿病视网膜病变数据集)
眼底图像数据,与国际项目合作。
国家人口健康科学数据中心(NPHC)
整合临床、基础医学、公共卫生等多领域数据(需注册)。
官网:https://www.ncmi.cn/
万方医学网 / 中国知网(CNKI)医学库
中文医学文献数据库,含临床指南、病例报告等。
数据权限:国内医学数据通常需通过伦理审查和行政审批(如《人类遗传资源管理条例》)。
语言:部分数据库仅提供中文界面。
区域覆盖:不同数据库的地域代表性差异较大(如城乡差异)。
如果需要使用这些数据库,建议通过官方渠道联系相关机构,并关注 国家科技资源共享服务平台(https://www.escience.org.cn/)的最新动态。
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